一个神秘的系统意外踏入小五郎的生活之中，慢慢的改变他的生活。就在他以为可以幸福一生时。黑暗组织的消息却让他的世界陷入重重迷雾之中。随着真像一步步出现，小五郎就应该如何选择？而柯南是否能够找回失去的从前呢？